菁染料是近红外荧光染料中zui常用的一类荧光染料，统的可见光染料相比有显著的优势。由于细胞和组织的自发荧光在近红外波段zui小，因此在检测复杂生物系统时，近红外染料能提供更高的特异性和灵敏度。同时，由于光波在近红外区段的组织透过性更好。菁染料的摩尔吸光系数在荧光染料中是zui高的，Cy5 hydrazide, Cy5.5 alkyne 和Cy7 NHS ester 的吸收在近红外区背景非常低，是荧光强度zui高、zui稳定的长波长染料。特别适合于活体小动物体内成像代替放射性元素。
目前市面上的菁染料价格比较高，主要是因为菁染料, 尤其是不对称菁染料的合成副反应多, 副产物极性相近, 产物的分离提纯相当困难。菁染料特别是水溶性菁染料分子极性大, 分离提纯越加困难。因此像Sulfo Cy5 Carboxylic acid就比脂溶性的Cyanine7 amine这类产品贵一些。水溶性的Sulfo-Cyanine3 NHS ester就比脂溶性Cyanine5 azide更贵一些。
Cyanine菁染料是近红外荧光染料中zui常用的一类荧光染料，细胞和组织的自发荧光在近红外波段zui小，能提供更高的特异性和灵敏度，菁染料是二个非区域电荷的氮原子通过聚合搭桥的方式形成的一种分子，以下图片*诠释：
由于Cy染料的结构式特点，他们往往有着*的消选光系数，数值高达100,000 Lmol-1cm-1
Cy系列的荧光染料我们一般分为磺酸化菁染料和非磺酸化菁染料non-sulfonated cyanines, and sulfonated cyanines.他们的光谱性质基本相同，和蛋白 小分子修饰反应也几乎是一样的，不同的在于他们的溶解性，非磺酸化菁染料是脂溶性的，磺酸化菁染料是水溶性的，结构式上也会有些不同。
近红外菁染料Cy3-N3|Cy3 azide|花青素-叠氮
Non-sulfonated cyanines非磺酸化菁染料包括以下：
Cy3.5 alkyne、Cy3 azide、Cy3 carboxylic acid、Cy3 NHS ester、Cy5 amine、Cy5 maleimide
Cyanine3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cyanine3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Cyanine5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Cyanine7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
大多数非磺酸化菁染料都必须在有机相里去跟蛋白、多肽、抗体及小分子材料进行下一步的反应。
Sulfonated cyanine磺酸化菁染料包括以下：
Sulfo-Cy 5 NHS ester, Sulfo-Cy3 maleimide, Sulfo-Cy7 azide, Sulfo-Cy5 carboxylic acid
Sulfo Cyanine3 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine3.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester
Sulfo Cyanine5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine5.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
Sulfo Cyanine7.5 alkyne azide carboxylic acid hydrazide maleimide NHS ester amine
虽然非磺酸化菁染料和磺酸化菁染料有着相同的荧光特性，但是在具体使用上还是有一些差异性的，非磺酸化菁染料必须溶解在有机溶剂中如DMF或DMSO中使用，并加入缓冲水溶液buffers来使用，磺酸化菁染料溶解在水中，整个使用过程*在水相中进行。
磺酸化菁染料和非磺酸化菁荧光染料可以用于标记各种不同的目标分子：
可在有机溶剂中溶解的蛋白质
抗体 (use 5-10% of DMSO/DMF)
DNA和寡核苷酸
多肽
其他小分子，包括药用小分子及抑制剂
磺酸化菁荧光染料可用于：
在DMF或DMSO中变性的敏感蛋白
被透析及纯化的蛋白
水溶性的纳米粒子
不溶或疏水的蛋白
非磺酸化菁荧光染料可用于：
在有机介质反应（二氯甲烷、乙腈）
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