活性多肽分子可以被荧光基团标记，应用于荧光成像领域。荧光基团分子具有以下功能：其吸收特定波长能量的光子后，立即在另一较长波长区域释放出具有一定能量的光子。用于标记多肽的荧光染料有很多，其中FITC、TAMRA、ATTO较为常见。
一、异硫氰酸荧光素（FITC）
羧基荧光素在使用前必须要被激活，与之相比异硫氰酸荧光素（FITC）更具活性，FITC主要是与巯基或者伯氨反应，如还原型半胱氨酸的侧链，尤其是多肽或蛋白中的氨基。
在很多应用中，荧光基团可以在化学合成的过程中引入，在选择性地去掉保护基团后，FITC可以与赖氨酸（Lysine）或鸟氨酸（Ornithine）侧链反应，或者与在合成过程中的多肽N端氨基反应。在N端标记时，在氨基和异硫氰酸盐反应形成的硫脲键之间会引入一个烷基间隔基，如氨基己酸（Ahx）。
二、四甲基罗丹明（TAMRA）
四甲基罗丹明（TAMRA），在所有常见的FRET探针中，基于TAMRA的探针在细胞内分布均匀，在细胞质中扩散有效。 与FITC相比，TAMRA发色团具有多种优势，例如TAMRA比FITC表现出更强的抗光漂白能力。 FITC通常在494nm处激发，在520nm处发射荧光，而TAMRA的最大吸收波长和发射波长分别在546nm和580nm。 更重要的是，TAMRA有一个额外的正电荷，可能会增加TAMRA与目标化合物之间的相互作用，从而促进探针与化合物的结合。 与Cy3相似，TAMRA非常稳定且明亮，因此是一种优良的荧光基团。 而且，FITC和TAMRA标记可以组合使用，因为它们有不同的激发波长和发射波长，并且不会相互淬灭。
三、单分子荧光染料——ATTO系列荧光染料
Atto染料可以用来取代普通的荧光染料。 Atto染料具有更好的光稳定性和耐臭氧性，更长的信号寿命，更低的背景以提高灵敏度。 它们是使用可见光和近红外发射波长的复合技术的理想选择。 例如Atto 488就是荧光素和Alexa Fluor 488的优良替代品， Atto 550是罗丹明染料、Cy3和AlexaFluor 550的替代品，能产生具有更好的光稳定性和更亮的荧光的共轭物。
瑞禧可提供的荧光标记多肽产品：
荧光标记细胞穿膜肽CPPs
荧光标记阳离子肽Temporin-1CEa
荧光标记cRGD多肽
荧光标记环肽
荧光标记Penetratin
荧光标记TAT
荧光标记pVEC
荧光标记MAP
荧光标记(Arg)7
荧光标记MPG
荧光标记Transportan
荧光标记Octreotide
荧光标记D-Phe-c[Cys-Phe-D-Trp-Lys-Thr-Cys]-Thr-ol
